GPT e MBR são, ambos, tipos de tabela de partições.
O MBR (Master Boot Record - Registro mestre de inicialização) é amplamente utilizado, sendo viável tanto para máquinas novas quanto máquinas antigas.
O GPT (Guid Partition Table - Tabela de partição GUID) é voltado para equipamentos novos e para discos de alta capacidade (2TB ou mais) ou para equipamentos que depende de usar muitas partições em um único disco.
O MBR possui limitações que, hoje em dia, são muito grandes. Suas principais limitações inclui o uso de partições de até 2TB e o limite máximo de 4 partições no mesmo disco.
Já o GPT pode trabalhar com partições acima de 2TB e trabalhar com até 127 partições no mesmo disco. Este seria bastante viável para empresas que utilizam partições reservadas para ambientes virtualizados, separar os arquivos de usuários de uma rede em partições separadas ou para uso em ambientes que trabalham com RAID de grande capacidade.
Sistemas Windows podem trabalhar normalmente com padrão GPT a partir do Windows XP em diante, mas apenas sistemas Windows instalados em modo UEFI podem ser inicializados em GPT. Sistemas Linux não necessitam ser instalados em modo UEFI para poderem ser inicializados.
No Windows, você pode usar o Gerenciador de Dispositivos para fazer a alteração no disco para alternar entre MBR e GPT, e no Linux, você pode utilizar o GParted. Lembrando que em ambos os casos os dados serão apagados, então, providencie um backup dos dados em outro disco antes de fazer a alteração.
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